Dù quy định pháp luật về hóa đơn điện tử ngày càng minh bạch, nhưng trên thực tế, kế toán vẫn thường xuyên rơi vào thế thụ động trước hàng loạt bất cập. Chỉ một sơ suất nhỏ ở hóa đơn đầu vào có thể làm doanh nghiệp mất chi phí hợp lý, không được khấu trừ thuế GTGT và bị phạt nặng. Cùng phần mềm hóa đơn điện tử EasyInvoice xem những bất cập phổ biến nhất ngay trong bài viết bên dưới. 

1. Hóa đơn đầu vào trong công ty xây dựng là gì?

Trong hoạt động sản xuất kinh doanh đặc thù của ngành xây dựng, hóa đơn đầu vào là toàn bộ chứng từ điện tử do nhà cung cấp (bên bán) phát hành cho doanh nghiệp xây dựng khi phát sinh giao dịch mua sắm nguyên vật liệu (cát, đá, xi măng, sắt thép…), thuê máy móc thiết bị, công cụ dụng cụ hoặc dịch vụ thầu phụ phục vụ thi công công trình.

Hóa đơn đầu vào đóng vai trò cốt lõi trong công tác kế toán, là căn cứ pháp lý để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào và ghi nhận chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Từ 01/01/2026, hóa đơn điện tử là bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp, cần đáp ứng đủ điều kiện như sau:

• Có mã của Cơ quan Thuế (CQT): Áp dụng bắt buộc đối với các trường hợp thuộc diện phải sử dụng hóa đơn có mã.
• Khớp đúng thông tin: Thông tin tên hàng hóa, số lượng, giá trị trên hóa đơn phải thống nhất tuyệt đối với Hợp đồng kinh tế, Dự toán bóc tách vật tư và Biên bản nghiệm thu khối lượng thi công.
• Thanh toán không dùng tiền mặt: Giao dịch có tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) bắt buộc phải chuyển khoản qua tài khoản ngân hàng hợp pháp của hai pháp nhân, theo Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024 và Điều 26 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. 

2. Những bất cập khi lấy hóa đơn đầu vào công ty xây dựng

Đặc thù công trình kéo dài, địa bàn rộng và việc mua bán vật tư nhỏ lẻ khiến kế toán xây dựng thường xuyên gặp các vướng mắc sau:

• Xuất hóa đơn sau thời điểm nghiệm thu công trình: Nhà cung cấp chỉ xuất hóa đơn khi doanh nghiệp thanh toán xong tiền mua hàng. Việc ngày xuất hóa đơn nguyên vật liệu trễ hơn ngày nghiệm thu khối lượng công trình tạo ra rủi ro bị cơ quan thuế loại chi phí do sai thời điểm và phạt vi phạm hành chính.
• Hóa đơn không khớp dự toán / bóc tách khối lượng: Bên bán tự ý thay đổi tên mặt hàng trên hóa đơn để “đẩy hàng tồn” hoặc gom cho đủ giá trị thanh toán, khiến nội dung hóa đơn không phản ánh đúng vật tư thực tế thi công tại hiện trường.
• Thiếu bộ chứng từ đính kèm chứng minh giao dịch thật: Hóa đơn “hợp lệ về mặt hình thức” nhưng không có Biên bản giao nhận tại hiện trường, Phiếu nhập kho, Nhật ký thi công, Ảnh chụp công trình… khiến cơ quan thuế nghi ngờ tính thực tế của giao dịch.
• Vi phạm quy tắc thanh toán khấu trừ: Giao dịch từ 5 triệu đồng trở lên nhưng thanh toán tiền mặt, hoặc chuyển khoản qua tài khoản cá nhân của giám đốc/nhân viên (không đúng tên pháp nhân đăng ký), dẫn đến bị loại toàn bộ số thuế GTGT được khấu trừ. 
• Nhà cung cấp có dấu hiệu rủi ro thuế cao: Bên bán tạm ngừng hoạt động, bỏ địa điểm kinh doanh, nằm trong danh sách cảnh báo của CQT hoặc đăng ký ngành nghề không phù hợp với mặt hàng xuất bán, khiến hóa đơn đầu vào bị vô hiệu hóa dù thời điểm nhận hóa đơn diễn ra bình thường.

Xem thêm: Hướng dẫn xuất hóa đơn điện tử cho công trình xây dựng

3. Rủi ro khi sử dụng hóa đơn đầu vào không hợp lệ

Khi hóa đơn đầu vào bị xác định không hợp lệ/hợp pháp, doanh nghiệp xây dựng đối mặt với những vấn đề như sau: 

• Bị loại chi phí tính thuế TNDN: Toàn bộ giá trị trước thuế của hóa đơn bị loại khỏi chi phí hợp lý. Doanh nghiệp bị truy thu 20% thuế TNDN kèm phạt tiền chậm nộp 0,03%/ngày. 
• Bị loại thuế GTGT được khấu trừ: Hủy bỏ số thuế GTGT đã kê khai, doanh nghiệp phải nộp lại số thuế đã khấu trừ sai + tiền chậm nộp. 
• Phạt vi phạm hành chính về hóa đơn: Phạt tiền theo quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn. Trường hợp cố ý sử dụng hóa đơn khống giá trị lớn sẽ bị truy cứu trách nhiệm hình sự. 
• Rủi ro hàng hóa không rõ nguồn gốc: Trường hợp không chứng minh được giao dịch thực tế, nguyên vật liệu tại hiện trường có thể bị xem là không rõ nguồn gốc, dẫn đến bị xử phạt độc lập bởi Quản lý thị trường. 
• Rủi ro bị đưa vào diện thanh tra ưu tiên: Doanh nghiệp nhận nhiều hóa đơn từ các nhà cung cấp rủi ro sẽ bị tự động xếp vào nhóm doanh nghiệp rủi ro cao về thuế, gia tăng tần suất thanh tra toàn diện. 

4. Cách xử lý khi hóa đơn đầu vào có sai sót

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào nhận được có sai sót, kế toán xây dựng thực hiện theo 6 bước chuẩn hóa:

• Bước 1 – Phân loại sai sót: Xác định bản chất sai sót (tên hàng, thuế suất, tiền thuế…) để lựa chọn hình thức Hóa đơn điều chỉnh hoặc Hóa đơn thay thế.
• Bước 2 – Chuẩn bị hồ sơ & Dữ liệu: Nhập mẫu số, ký hiệu, số hóa đơn gốc và nội dung sai sót vào phần mềm hóa đơn/kế toán.
• Bước 3 – Lập hóa đơn Điều chỉnh/Thay thế: Yêu cầu bên bán xuất hóa đơn mới trên phần mềm e-invoice, ghi rõ ghi chú: “Điều chỉnh/Thay thế cho hóa đơn Mẫu số… Ký hiệu… Số… ngày…”.
• Bước 4 – Truyền nhận dữ liệu: Gửi/nhận hóa đơn qua hệ thống e-invoice có kết nối Cơ quan Thuế và lưu trữ chứng thư số xác nhận.
• Bước 5 – Kê khai thuế đúng kỳ:
  • Bên bán: Kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh/thay thế.
  • Bên mua: Kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn (đối với điều chỉnh giảm/tăng khấu trừ) hoặc lập Tờ khai bổ sung (KHBS) nếu phát sinh tăng số thuế phải nộp của các kỳ trước.
• Bước 6 – Lưu trữ hồ sơ điện tử: Lưu trữ file dữ liệu gốc (XML) và file hiển thị (PDF) tối thiểu 10 năm theo quy định Luật Kế toán.

Xem thêm: 05 cách xử lý chi phí nhân công trong xây dựng

5. EasyInvoice – Giải pháp quản lý hóa đơn đầu vào cho doanh nghiệp xây dựng

Phần mềm hóa đơn điện tử EasyInvoice giải quyết triệt để các bài toán rủi ro hóa đơn trong ngành xây dựng thông qua hệ sinh thái tính năng thông minh:

• Tự động đồng bộ & Đối chiếu theo Công trình: Tải hóa đơn tự động từ Cổng Cục Thuế, phân loại và khớp nối chính xác theo từng công trình/hợp đồng thi công. Ngăn chặn nguy cơ quên hóa đơn hoặc nhận hóa đơn xuất sau ngày nghiệm thu.
• Cảnh báo rủi ro Nhà cung cấp tức thì: Tích hợp bộ lọc tra cứu MST quốc gia, cảnh báo ngay khi nhận hóa đơn từ doanh nghiệp ngừng hoạt động, bỏ địa điểm kinh doanh hoặc thuộc danh sách cảnh báo thuế.
• Liên kết Chuỗi chứng từ thực tế (E-Dossier): Đính kèm trực tiếp Biên bản giao nhận, Phiếu nhập kho, Ảnh chụp hiện trường và Nhật ký thi công với từng hóa đơn, giúp hồ sơ giải trình thuế hoàn toàn vững chắc.
• Kiểm soát Điều kiện Thanh toán Khấu trừ: Tự động phát hiện và cảnh báo các hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đúng tên pháp nhân. 
• Đối chiếu Biến động Vật tư so với Bóc tách: So sánh chi tiết danh mục vật tư trên hóa đơn với Bảng bóc tách dự toán ban đầu để phát hiện bất thường (xuất sai tên vật tư, vượt định mức).

Xem ngay: Phần Mềm Kế Toán Cho Doanh Nghiệp Xây Dựng

6. Một số lưu ý để hạn chế rủi ro về hóa đơn đầu vào

Để giảm thiểu rủi ro, kế toán nên áp dụng các nguyên tắc sau:

• Tra cứu nhà cung cấp trước giao dịch: Kiểm tra kỹ mã số thuế, trạng thái hoạt động và ngành nghề đăng ký kinh doanh trên Cổng thông tin CQT trước khi ký hợp đồng mua vật tư.
• Đảm bảo thời điểm xuất hóa đơn xây dựng: Yêu cầu bên bán xuất hóa đơn đúng ngày nghiệm thu, bàn giao khối lượng; tuyệt đối không chấp nhận thỏa thuận “chờ thanh toán xong mới xuất”.
• Khớp hóa đơn với Bóc tách dự toán: Yêu cầu xuất đúng tên vật tư, quy cách và số lượng theo bảng bóc tách công trình; không nhận hóa đơn ghi chung chung hoặc đổi mặt hàng.
• Hoàn thiện đầy đủ bộ chứng từ đi kèm: Mỗi hóa đơn đầu vào bắt buộc phải đi kèm: Hợp đồng, Biên bản giao nhận vật tư, Phiếu nhập kho, Nhật ký thi công và Bảng kê vật tư theo công trình.
• Tuân thủ tuyệt đối quy tắc thanh toán không dùng tiền mặt: Mọi hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên phải chuyển khoản từ tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp mua sang tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp bán (theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP)
• Rà soát định kỳ TK 133 & Xử lý sai sót chuẩn quy định 2026: Đảm bảo số dư TK 133 trên BCTC khớp đúng với Chỉ tiêu 43 trên Tờ khai thuế GTGT kỳ cuối. Khi phát hiện sai sót, lập tức áp dụng tính năng điều chỉnh/thay thế trên EasyInvoice và kê khai đúng kỳ quy định.

Kiểm soát việc lấy hóa đơn đầu vào đúng quy định là yếu tố then chốt giúp bảo vệ chi phí hợp lý và hạn chế tối đa rủi ro bị truy thu thuế. Bằng cách tuân thủ nguyên tắc kiểm tra nhà cung cấp và hoàn thiện đầy đủ bộ chứng từ đi kèm, doanh nghiệp hoàn toàn có thể chủ động đảm bảo an toàn tài chính trong mọi kỳ quyết toán. 

EasyInvoice giúp doanh nghiệp và hộ kinh doanh triển khai hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền nhanh chóng, đáp ứng đầy đủ quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Phần mềm hỗ trợ phát hành hóa đơn chính xác, kết nối trực tiếp với cơ quan Thuế và tối ưu quy trình bán hàng cho nhiều ngành nghề.

EasyInvoice – Giải pháp hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền

• Đáp ứng đầy đủ quy định về hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
• Giao diện trực quan, dễ sử dụng, giúp phát hành hóa đơn nhanh chóng ngay trên máy tính tiền.
• Hỗ trợ phát hành hàng loạt hóa đơn, giảm thời gian xử lý và hạn chế sai sót.
• Tự động truyền dữ liệu hóa đơn đến Hệ thống thông tin quản lý thuế của Cục Thuế 24/7.
• Gửi hóa đơn điện tử qua email, SMS và nhiều phương thức khác ngay sau khi phát hành.
• Hỗ trợ tạo, phát hành và quản lý hóa đơn trên cả máy tính và thiết bị di động, giúp doanh nghiệp làm việc mọi lúc, mọi nơi.

Đăng ký dùng thử EasyInvoice ngay hôm nay để trải nghiệm giải pháp hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền nhanh chóng, an toàn và luôn cập nhật theo quy định mới nhất.

ĐĂNG KÝ DÙNG THỬ PHẦN MỀM HÓA ĐƠN ĐIỆN TỬ KHỞI TẠO TỪ MÁY TÍNH TIỀN

Video giới thiệu Phần mềm hóa đơn điện tử EasyInvoice

Liên hệ để được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử

Zalo tư vấn mua hàng: https://zalo.me/softdreams

Website: https://easyinvoice.vn/

Email: info@softdreams.vn

Facebook: https://www.facebook.com/easyinvoice.vn