Quản lý hóa đơn cho nhà thầu và nhà thầu phụ chưa bao giờ là bài toán đơn giản, đòi hỏi sự phối hợp chặt chẽ từ khâu ký kết hợp đồng cho đến lúc nghiệm thu thực tế. Việc chủ động chuẩn hóa quy trình kết hợp cùng giải pháp hóa đơn điện tử sẽ giúp doanh nghiệp xây dựng giải quyết triệt để nguy cơ sai sót về thuế. Kế toán có thể tham khảo chi tiết hơn ngay trong bài viết bên dưới của EasyInvoice

1. Nhà thầu và nhà thầu phụ phát sinh những loại hóa đơn nào?

Theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP về hóa đơn, chứng từ và Thông tư 32/2025/TT-BTC: nhà thầu phụ phải xuất hóa đơn GTGT cho nhà thầu chính khi hoàn thành bàn giao công việc Cụ thể, vì người bán phải lập hóa đơn cho người mua, nên nhà thầu phụ ký hợp đồng, chịu trách nhiệm và xuất hóa đơn GTGT cho nhà thầu chính. Nhà thầu chính sau đó xuất hóa đơn cho chủ đầu tư để chủ đầu tư ghi nhận chi phí

2. Những khó khăn thường gặp khi quản lý hóa đơn giữa nhà thầu và nhà thầu phụ

Những khó khăn thường gặp khi quản lý hóa đơn giữa nhà thầu và nhà thầu phụ có thể kể đến như là: 

• Chậm chi trả sau nghiệm thu: Nhà thầu chính trì hoãn thanh toán cho nhà thầu phụ dù công việc đã được nghiệm thu hoàn thành.
• Điều khoản ràng buộc thụ động: Hợp đồng thường cài cắm điều khoản buộc nhà thầu phụ phải chờ chủ đầu tư giải ngân cho nhà thầu chính, đẩy nhà thầu phụ vào thế bị động trước những yếu tố không thể kiểm soát.
• Trì trệ quy chế thanh toán: Việc chậm phê duyệt khối lượng hoàn thành do nhiều nguyên nhân khách quan lẫn chủ quan khiến nhà thầu phụ gặp chứng hụt vốn, gây đình trệ tiến độ thi công.
• Sai lệch thời điểm xuất hóa đơn: Việc xuất hóa đơn trước hoặc sau thời điểm nghiệm thu thực tế sẽ bị cơ quan thuế xử phạt theo quy định.
• Rủi ro từ hóa đơn đầu vào muộn: Nếu hóa đơn đầu vào lấy sau khi công trình đã nghiệm thu, doanh nghiệp đứng trước nguy cơ bị loại bỏ chi phí hợp lý và không được khấu trừ thuế GTGT.
• Lỗi thông tin trên hóa đơn: Sai sót về thông tin doanh nghiệp, giá trị thanh toán hoặc thuế suất bắt buộc các bên phải thực hiện quy trình phức tạp: lập biên bản điều chỉnh kèm hóa đơn điều chỉnh.
• Thiếu hóa đơn hoàn công: Nhà thầu không cung cấp đủ hóa đơn hoàn công sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính nghiêm trọng
• Phát sinh chi phí ngoài dự toán: Phạm vi dự án bị mở rộng quy mô một cách thụ động so với điều khoản ban đầu, dẫn đến các khoản chi phí không được dự trù từ trước.
• Bất cập trong định giá: Các khoản mục chi phí giao cho nhà thầu phụ thường bị bóp thấp hơn nguồn kinh phí ký kết thực tế, gây ra rất nhiều khó khăn khi triển khai.
• Chênh lệch hồ sơ và thực tế: Rủi ro xuất hiện hóa đơn không hợp lệ hoặc có sự vênh nhau lớn giữa chi phí vận hành thực tế với hồ sơ báo cáo thuế.
• Thâm hụt lợi nhuận do chế tài: Việc lơ là, bỏ qua các quy định về luật lao động hoặc tiêu chuẩn ngành có thể kích hoạt các khoản phạt và chi phí pháp lý khổng lồ, thậm chí vượt quá toàn bộ lợi nhuận kỳ vọng của dự án.

Xem thêm: Khi Nào Phải Nộp Thuế Nhà Thầu

3. Các rủi ro khi quản lý hóa đơn không chặt chẽ

Việc thiếu kiểm soát trong quy trình quản lý hóa đơn sẽ khiến doanh nghiệp đối mặt với những rủi ro lớn dưới đây:

• Rủi ro về thuế và nghĩa vụ tài chính: Sử dụng hóa đơn từ các đơn vị đã giải thể, phá sản, bỏ trốn hoặc ngừng hoạt động sẽ dẫn đến việc bị loại trừ chi phí, truy thu thuế và xử phạt hành chính.
• Rủi ro từ sai sót thông tin trên hóa đơn: Nhầm lẫn về mã số thuế, tên doanh nghiệp hoặc địa chỉ có thể khiến doanh nghiệp bị từ chối khấu trừ thuế hoặc bị quy trách nhiệm cố tình khai sai.
• Rủi ro gian lận và sử dụng hóa đơn khống: Nguy cơ bị thanh tra toàn diện, truy thu thuế nhiều năm và đối mặt với trách nhiệm hình sự nếu có dấu hiệu gian lận tổ chức.
• Rủi ro trong lưu trữ và quản lý dữ liệu: Thất lạc file XML, PDF hoặc các chứng từ đi kèm (hợp đồng, nghiệm thu, phiếu xuất-nhập kho) khiến doanh nghiệp không thể tra cứu, đối chiếu với hệ thống của cơ quan thuế.
• Rủi ro thanh toán phi tiền mặt: Việc phụ thuộc vào hóa đơn nhưng buông lỏng kiểm soát dòng tiền dẫn đến rủi ro kép: vừa bị loại chi phí (do hóa đơn không hợp lệ), vừa bị từ chối khấu trừ thuế (do không đáp ứng điều kiện thanh toán phi tiền mặt).
• Rủi ro lập hóa đơn sai thời điểm: Bị xử phạt vi phạm hành chính về quy định quản lý hóa đơn.
• Rủi ro tài chính: Việc ghi chép bằng tay dễ gây nhầm lẫn dữ liệu, làm sai lệch sổ sách công nợ và gây thất thoát tài chính. Hóa đơn thiếu thông tin, sai sót khiến tiến độ thanh toán bị trì hoãn, ảnh hưởng trực tiếp đến tính thanh khoản của các dự án.
• Rủi ro bị thanh tra, kiểm tra toàn diện: Sự chủ quan trong quản lý hóa đơn vô tình đẩy doanh nghiệp vào “bẫy” rủi ro và luôn bị động trước các kỳ quyết toán.

4. Quy trình quản lý hóa đơn hiệu quả giữa nhà thầu và nhà thầu phụ

Quy trình quản lý hóa đơn hiệu quả giữa nhà thầu và nhà thầu phụ gồm các bước như sau:

Bước 1: Chốt điều khoản hợp đồng cốt lõi, quy định rõ 5 yếu tố để tránh tranh chấp: Phạm vi/Mốc công việc, Quy định hóa đơn (loại GTGT, thời điểm, thông tin), Tiến độ hồ sơ thanh toán, Chỉ số KPI nghiệm thu và Cơ chế trọng tài giải quyết tranh chấp.

Bước 2: Nhà thầu phụ cùng giám sát của Chủ đầu tư (Bên A) khảo sát hiện trường, sau đó ký biên bản bàn giao mặt bằng làm căn cứ thi công.

Bước 3: Nhà thầu phụ đo đạc khối lượng theo mẫu, lập bộ hồ sơ tổng hợp (gồm đơn giá, khấu trừ, lũy kế) và nộp đúng hạn định kỳ hàng tháng (từ ngày 15 đến 25).

Bước 4: Nhà thầu chính kiểm tra hồ sơ và phối hợp chốt khối lượng trong vòng 3 ngày. Tổ chức nghiệm thu thực tế và ký biên bản ngay sau khi xong từng phân đoạn.

Bước 5: Lập văn bản pháp lý theo thỏa thuận với Chủ đầu tư. Hồ sơ gồm biên bản nghiệm thu, biên bản xác nhận khối lượng và bảng quyết toán (áp dụng cho cả giai đoạn xây thô/móng và giai đoạn hoàn thành tổng thể).

Bước 6: Nhà thầu phụ xuất hóa đơn cho Nhà thầu chính ngay tại thời điểm nghiệm thu/bàn giao (không phụ thuộc vào việc đã nhận tiền hay chưa). Lưu ý: Tuyệt đối không xuất hóa đơn trước ngày ký biên bản nghiệm thu.

Bước 7: Trình hồ sơ lên Ban Chỉ huy hoặc Giám đốc dự án duyệt. Số hóa bằng cách gửi file scan trước, chuyển phát hồ sơ gốc sau để lưu trữ.

Bước 8: Phòng tài chính kiểm tra hóa đơn (hợp lệ từ 2 – 5 ngày, nằm trong tổng hạn thanh toán tối đa 60 ngày). Hóa đơn phải đi kèm biên bản nghiệm thu tương ứng và xuất theo giá trị thực tế của từng đợt giao hàng/hạng mục nhỏ.

Bước 9: Kiểm toán nội bộ hàng quý để kiểm tra tính tuân thủ; duy trì phản hồi để cải tiến hợp tác; sử dụng Dashboard tự động để theo dõi dòng tiền và cảnh báo sớm tranh chấp.

Bước 10: Đào tạo đội ngũ mua sắm (đàm phán) và tài chính (xử lý sự cố). Nếu hóa đơn sai lệch phải lập biên bản điều chỉnh ngay. Ứng dụng công nghệ có chức năng ghi vết và bắt buộc lưu trữ file gốc (XML, PDF) an toàn trong 10 năm.

Xem ngay: 05 cách xử lý chi phí nhân công trong xây dựng

5. Vai trò của hóa đơn điện tử trong quản lý nhà thầu và nhà thầu phụ

Hóa đơn điện tử (HĐDT) đóng vai trò cốt lõi trong việc hiện đại hóa công tác quản lý, tối ưu hóa chi phí và giảm thiểu rủi ro pháp lý cho cả chủ đầu tư lẫn các nhà thầu. 

• Chống hóa đơn khống: Mọi hóa đơn đều được mã hóa và xác thực tập trung bởi cơ quan thuế, loại bỏ hoàn toàn tình trạng làm giả hay sửa đổi số liệu.
• Bảo vệ pháp lý: Tạo cơ sở minh bạch cho hoạt động đấu thầu và thanh quyết toán giữa các bên, hạn chế tối đa tranh chấp.
• Tự động hóa quy trình: Hóa đơn được xuất tự động theo tiến độ nghiệm thu và liên thông trực tiếp với tờ khai thuế GTGT, giảm tải cho nhân sự kế toán.
• Cắt giảm chi phí: Loại bỏ chi phí in ấn, chuyển phát và không gian lưu trữ vật lý của hóa đơn giấy truyền thống.
• Quản lý Real-time: Chủ đầu tư và nhà thầu có thể theo dõi trạng thái dòng tiền và chi phí của từng hạng mục ngay khi phát sinh.
• Truy xuất tức thì: Dữ liệu số giúp việc đối chiếu, phục vụ công tác kiểm toán diễn ra nhanh chóng, mọi lúc mọi nơi mà không cần lục tìm hồ sơ giấy.
• Đúng quy định: Đảm bảo doanh nghiệp tuân thủ nghiêm ngặt Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
• An toàn dữ liệu: Lưu trữ bảo mật trên hệ thống điện tử, xóa bỏ nguy cơ mất mát, cháy hỏng; cơ chế kiểm tra chéo giúp phát hiện sớm sai sót về thuế.
• HĐDT khả năng tích hợp sâu với các phần mềm kế toán và hệ thống quản trị cốt lõi (SAP, ERP, CRM), tạo nên một dòng chảy dữ liệu tài chính thông suốt, đồng bộ giữa doanh nghiệp và cơ quan nhà nước.
• Hỗ trợ quản lý nhà nước: Giúp cơ quan thuế kiểm soát chéo giao dịch, hiện đại hóa hành chính công và nâng cao hiệu quả thu ngân sách.
• Nâng tầm doanh nghiệp: Khẳng định uy tín của nhà thầu với đối tác, đồng thời thúc đẩy chuyển đổi số để phát triển bền vững trong môi trường cạnh tranh.

6. EasyInvoice hỗ trợ quản lý hóa đơn cho nhà thầu và nhà thầu phụ như thế nào?

Để hiện thực hóa quy trình quản lý hóa đơn chuyên nghiệp và tuân thủ tuyệt đối pháp luật, EasyInvoice tự hào là trợ thủ đắc lực cho các doanh nghiệp xây dựng: 

• Tuân thủ pháp lý 100%: Đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ hóa đơn theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC
• Xử lý hóa đơn toàn diện: Quản lý thông tin khách hàng, danh mục sản phẩm/hạng mục công trình phức tạp một cách khoa học.
• Tối ưu quy trình thanh toán: Hỗ trợ tính năng xuất hóa đơn hàng loạt theo từng giai đoạn nghiệm thu của dự án; gửi hóa đơn nhanh chóng, tiện lợi qua Internet.
• Báo cáo thông minh: Cung cấp hệ thống báo cáo chi tiết, trực quan giúp ban lãnh đạo dễ dàng theo dõi dòng tiền dự án.
• Kết nối đồng bộ: Tích hợp mượt mà với các phần mềm kế toán và hệ thống quản trị nội bộ của doanh nghiệp, đảm bảo tính bảo mật và an toàn dữ liệu tuyệt đối.

Sự minh bạch và kịp thời trong quản lý hóa đơn giữa các bên thầu chính sẽ giúp dòng tiền dự án luôn lưu thông thông suốt. Có thể nói, việc đầu tư vào quy trình quản lý hóa đơn chuẩn chỉnh ngay hôm nay chính là khoản đầu tư bền vững cho sự phát triển của mọi nhà thầu. 

Dùng thử EasyInvoice – phần mềm hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền, giúp hộ kinh doanh kê khai thuế và quản lý hóa đơn dễ dàng, chính xác hơn.

Trên đây Hóa đơn điện tử EasyInvoice đã cung cấp thông tin về “Quy trình quản lý hóa đơn cho nhà thầu và nhà thầu phụ toàn diện nhất “. Hy vọng những thông tin trên hữu ích với quý bạn đọc. Nếu còn câu hỏi khác cần được tư vấn, hỗ trợ vui lòng liên hệ với chúng tôi qua Hotline: 1900 3369 đội ngũ của chúng tôi sẽ giải đáp nhanh chóng và chi tiết nhất.

Theo quy định tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 123/2020/NĐ-CP và Thông tư 32/2025/TT-BTC, quy định việc sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có mã của cơ quan thuế 

SoftDreams ra mắt Phần mềm quản lý bán hàng EasyPos hỗ trợ Quý khách hàng trong nghiệp vụ sử dụng hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền. Nếu Quý khách hàng cần được tư vấn và hỗ trợ thêm, hãy liên hệ ngay cho đội ngũ chuyên nghiệp của SoftDreams, chúng tôi cam kết hỗ trợ khách hàng kịp thời 24/7 trong suốt quá trình sử dụng phần mềm.

EASYPOS – Phần mềm Quản lý bán hàng đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ như:

• Liên kết trực tiếp với cơ quan thuế
• Tự động đồng bộ đơn hàng thành hóa đơn, chuyển dữ liệu lên cơ quan thuế theo Thông tư 32/2025/TT-BTC
• Cập nhật sớm nhất những chính sách mới của cơ quan thuế
• Tạo và in đơn hàng ngay cả khi có hoặc không có kết nối mạng. 
• Thiết lập mẫu vé in theo mong muốn của DN & HKD.
• Tích hợp hệ sinh thái đa kênh như: Hóa đơn điện tử EasyInvoice, Phần mềm kế toán EasyBooks và chữ ký số EasyCA
• Tự động thống kê báo cáo chi tiết về doanh thu, lợi nhuận, chi phí… mỗi ngày
• Tự động hóa nghiệp vụ nhập liệu và lưu trữ thông tin đơn hàng

ĐĂNG KÝ DÙNG THỬ PHẦN MỀM QUẢN LÝ BÁN HÀNG EASYPOS NGAY

Video giới thiệu Phần mềm quản lý bán hàng EasyPos

Liên hệ để được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử

Zalo tư vấn mua hàng: https://zalo.me/softdreams

Website: https://easyinvoice.vn/

Email: info@softdreams.vn

Facebook: https://www.facebook.com/easyinvoice.vn