Thông tư 90/2026/TT-BTC mang đến nhiều điểm mới nổi bật như mở rộng đối tượng đăng ký thuế, siết chặt quản lý thuế TMĐT, thay đổi về mã số thuế… Những thay đổi này ảnh hưởng trực tiếp đến kế hoạch vận hành của doanh nghiệp và hộ kinh doanh. Phần hóa đơn điện tử EasyInvoice bên dưới sẽ cập nhật cho bạn 7 điểm mới nổi bật nhất của Thông tư 90/2026/TT-BTC ngay trong bài viết bên dưới. 

1. Tổng quan Thông tư 90/2026/TT-BTC

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định chi tiết về đăng ký thuế, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC. Thông tư được ban hành nhằm cập nhật quy định về đăng ký thuế theo Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, đồng thời bổ sung, làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân thuộc diện đăng ký thuế.

Thông tư 90/2026/TT-BTC tập trung hoàn thiện quy định về đăng ký thuế trong bối cảnh quản lý thuế ngày càng được số hóa. Một số nội dung đáng chú ý gồm:

• Chuẩn hóa quy trình đăng ký thuế, phù hợp với yêu cầu quản lý thuế và chuyển đổi số.
• Mở rộng, làm rõ đối tượng đăng ký thuế và trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan.
• Đơn giản hóa thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế, tạo thuận lợi hơn cho người nộp thuế.
• Tăng cường quản lý và khai thác thông tin đăng ký thuế, hỗ trợ cơ quan thuế nâng cao hiệu quả quản lý.
• Đẩy mạnh tích hợp với hệ thống định danh điện tử, góp phần đồng bộ dữ liệu và hiện đại hóa công tác quản lý thuế.

Tải ngay: Toàn văn Thông tư 90/2026/TT-BTC

2. 7 điểm mới nổi bật của Thông tư 90/2026/TT-BTC

Thông tư 90/2026/TT-BTC có 7 điểm mới nổi bật như sau: 

2.1 Mở rộng đối tượng phải thực hiện đăng ký thuế

Thông tư 90 bổ sung và làm rõ các nhóm đối tượng đăng ký thuế, đặc biệt là:

• Tổ chức nước ngoài và cá nhân không cư trú có hoạt động kinh doanh trên nền tảng TMĐT (bao gồm cả trường hợp nền tảng không hỗ trợ chốt đơn/thanh toán trực tiếp).
• Văn phòng điều hành dự án dầu khí và các tổ chức thuộc diện áp dụng thuế tối thiểu toàn cầu (thuế thu nhập doanh nghiệp bổ sung).
• Làm rõ trách nhiệm đăng ký của nhà cung cấp nước ngoài cung cấp dịch vụ số cho người mua tại Việt Nam.

Điều này giúp bịt khoảng trống quản lý thuế đối với kinh tế số xuyên biên giới và các dự án đặc thù.

2.2 Làm rõ các trường hợp khấu trừ và nộp thay thuế

Đối với trường hợp khấu trừ và nộp thay thuế, thông tư đưa ra các quy định chi tiết hơn, đặc biệt với: 

• Các nền tảng TMĐT trong nước có tích hợp đặt hàng và thanh toán trực tuyến: Phải thực hiện khấu trừ, nộp thay thuế cho người bán (hộ kinh doanh, cá nhân trong và ngoài nước) theo quy định.
• Làm rõ vai trò của tổ chức, cá nhân chi trả thu nhập đối với các khoản thu nhập chịu thuế từ hoạt động kinh doanh TMĐT, dịch vụ số.

Nhờ đó, cơ quan thuế dễ dàng kiểm soát dòng thu từ TMĐT và giảm rủi ro trốn thuế qua kênh trung gian.

2.3 Bổ sung các hình thức đăng ký thuế điện tử

Thông tư 90 cũng bổ sung hình thức nộp hồ sơ đăng ký thuế bằng phương thức điện tử thông qua:

• Cổng Dịch vụ công quốc gia;
• Ứng dụng định danh quốc gia (VNeID);
• Hệ thống thông tin quản lý thuế của cơ quan thuế.

Hồ sơ đăng ký thuế nộp trực tuyến được xác thực điện tử, bao gồm cả thông tin sinh trắc học theo quy định về định danh và xác thực điện tử của Chính phủ và lộ trình của cơ quan thuế. Điều này giúp người nộp thuế thực hiện đăng ký hoàn toàn trực tuyến, giảm thủ tục giấy.

2.4 Đơn giản hóa thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế

Thời gian xử lý và hồ sơ thay đổi thông tin (địa chỉ, email, SĐT, người đại diện…) được tinh gọn rõ rệt. Dữ liệu sẽ được đối soát và đồng bộ tự động với CSDL Quốc gia về Dân cư và Đăng ký doanh nghiệp. . 

2.5 Quy định mới về mã số thuế

Cấu trúc và nguyên tắc cấp mã số thuế (MST) cũng được làm rõ ràng như sau: 

• MST 10 chữ số: Cấp cho tổ chức độc lập, nhà thầu nước ngoài đăng ký nộp thuế trực tiếp, và các nhà cung cấp nước ngoài.
• MST 13 chữ số: Sử dụng cho đơn vị phụ thuộc, nhà thầu/nhà đầu tư tham gia hợp đồng dầu khí, và các đối tượng khác theo quy định.
• Tiếp tục khẳng định nguyên tắc: Mỗi tổ chức, mỗi cá nhân chỉ được cấp một MST duy nhất để sử dụng xuyên suốt quá trình hoạt động/đời sống.
• Cấp mã số riêng cho các tổ chức thuộc diện nộp thuế TNDN bổ sung (thuế tối thiểu toàn cầu) để kê khai, nộp trực tiếp.

2.6 Thay đổi quy định về chấm dứt và khôi phục hiệu lực mã số thuế

Thông tư chi tiết hóa các trường hợp chấm dứt MST (giải thể, phá sản, cá nhân qua đời…). Khi muốn khôi phục MST, người nộp thuế phải hoàn thành việc rà soát nghĩa vụ thuế tồn đọng và cập nhật lại thông tin đăng ký hiện hành. 

2.7 Bổ sung quy định về quản lý và công khai thông tin đăng ký thuế

Bổ sung cơ chế chia sẻ, đối soát dữ liệu giữa cơ quan thuế, cơ quan ĐKKD và các nền tảng TMĐT. Điều này giúp nâng cao tính minh bạch, hỗ trợ cơ quan chức năng công bố thông tin phục vụ quản lý và phòng chống gian lận thuế. 

Xem thêm: Thông tư 91/2026/TT-BTC: Hướng dẫn toàn diện về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử

3. So sánh Thông tư 90/2026/TT-BTC và Thông tư 86/2024/TT-BTC

Dưới đây là bảng so sánh Thông tư 90/2026/TT-BTC và Thông tư 86/2024/TT-BTC giúp bạn hiểu rõ hơn về sự thay đổi của hai thông tư này. 

4. Doanh nghiệp và hộ kinh doanh cần chuẩn bị gì từ 01/07/2026?

Để tuân thủ Thông tư 90 ngay từ 01/7/2026, doanh nghiệp và hộ kinh doanh nên:

• Rà soát đối tượng đăng ký thuế: Xác định xem có thuộc nhóm mới phải đăng ký (ví dụ: cá nhân không cư trú bán hàng qua TMĐT, đơn vị phụ thuộc chưa có MST 13 số, tổ chức chịu thuế tối thiểu toàn cầu…).
• Kiểm tra mã số thuế: Bảo đảm MST 10 số/13 số đúng cấu trúc; nếu là đơn vị phụ thuộc/dự án dầu khí/thuế tối thiểu toàn cầu thì xem xét việc cấp MST riêng theo quy định mới.
• Cập nhật thông tin đăng ký thuế: Địa chỉ, email, số điện thoại, người đại diện… trên hệ thống thuế và đồng bộ với dữ liệu quốc gia về dân cư/đăng ký kinh doanh.
• Chuẩn bị hồ sơ điện tử: Quét, lưu trữ giấy tờ pháp lý (giấy phép ĐKKD, CMND/CCCD/hộ chiếu, quyết định thành lập chi nhánh/văn phòng đại diện…) để nộp qua Cổng DVC quốc gia hoặc hệ thống thuế.
• Rà soát nghĩa vụ khấu trừ, nộp thay thuế (nếu là nền tảng TMĐT hoặc bên chi trả thu nhập): Cập nhật quy trình kế toán, hợp đồng, chính sách khấu trừ thuế cho người bán/người nhận thu nhập.
• Đào tạo nội bộ: Kế toán, bộ phận pháp chế và vận hành TMĐT cần nắm 7 điểm mới, đặc biệt là đăng ký điện tử, MST mới, và nghĩa vụ khấu trừ/nộp thay.
• Phối hợp với phần mềm hóa đơn/kế toán: Bảo đảm phần mềm (như EasyBooks, EasyInvoice,….) cập nhật biểu mẫu, trường thông tin và quy trình phù hợp với Thông tư 90.

Xem thêm: Nghị định 291/2026/NĐ-CP: điểm mới về xử phạt vi phạm hành chính thuế, hóa đơn

5. EasyInvoice sẵn sàng đáp ứng các quy định pháp luật mới

Đồng hành cùng doanh nghiệp và hộ kinh doanh trong quá trình cập nhật quy định mới, nền tảng Hóa đơn điện tử EasyInvoice cung cấp giải pháp quản lý hóa đơn tập trung, giúp người dùng dễ dàng kiểm soát và xử lý hóa đơn trên một hệ thống duy nhất: 

• Cập nhật biểu mẫu mới: Tự động điều chỉnh các mẫu đăng ký, thay đổi thông tin và phân loại đối tượng đúng chuẩn Thông tư 90.
• Quản lý tập trung: Toàn bộ hóa đơn điện tử được quản lý trên một hệ thống duy nhất, thuận tiện theo dõi và kiểm soát.
• Tra cứu nhanh chóng: Dễ dàng tìm kiếm hóa đơn theo mã số thuế, khách hàng, thời gian, trạng thái và nhiều tiêu chí khác.
• Theo dõi xuyên suốt: Kiểm soát đầy đủ quá trình phát hành, xử lý và lưu trữ hóa đơn, hạn chế bỏ sót hoặc nhầm lẫn trong quá trình quản lý.
• Lưu trữ an toàn: Dữ liệu hóa đơn được lưu trữ an toàn, hạn chế nguy cơ thất lạc và hỗ trợ doanh nghiệp đáp ứng yêu cầu về lưu trữ theo quy định pháp luật.
• Tiết kiệm thời gian: Tối ưu các thao tác quản lý hóa đơn, giúp kế toán giảm thời gian xử lý thủ công và nâng cao hiệu quả công việc.

Việc ban hành Thông tư 90/2026/TT-BTC đánh dấu bước tiến quan trọng trong nỗ lực minh bạch hóa và hiện đại hóa công tác quản lý thuế tại Việt Nam. Doanh nghiệp và hộ kinh doanh nên chủ động nắm bắt các điểm mới, rà soát lại thông tin và kiện toàn hệ thống kế toán để đảm bảo vận hành đúng luật.

EasyInvoice giúp doanh nghiệp và hộ kinh doanh triển khai hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền nhanh chóng, đáp ứng đầy đủ quy định tại Nghị định 254/2026/NĐ-CP. Phần mềm hỗ trợ phát hành hóa đơn chính xác, kết nối trực tiếp với cơ quan Thuế và tối ưu quy trình bán hàng cho nhiều ngành nghề.

EasyInvoice – Giải pháp hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền

• Đáp ứng đầy đủ quy định về hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP.
• Giao diện trực quan, dễ sử dụng, giúp phát hành hóa đơn nhanh chóng ngay trên máy tính tiền.
• Hỗ trợ phát hành hàng loạt hóa đơn, giảm thời gian xử lý và hạn chế sai sót.
• Tự động truyền dữ liệu hóa đơn đến Hệ thống thông tin quản lý thuế của Cục Thuế 24/7.
• Gửi hóa đơn điện tử qua email, SMS và nhiều phương thức khác ngay sau khi phát hành.
• Hỗ trợ tạo, phát hành và quản lý hóa đơn trên cả máy tính và thiết bị di động, giúp doanh nghiệp làm việc mọi lúc, mọi nơi.

Đăng ký dùng thử EasyInvoice ngay hôm nay để trải nghiệm giải pháp hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền nhanh chóng, an toàn và luôn cập nhật theo quy định mới nhất.

ĐĂNG KÝ DÙNG THỬ PHẦN MỀM HÓA ĐƠN ĐIỆN TỬ KHỞI TẠO TỪ MÁY TÍNH TIỀN

Video giới thiệu Phần mềm hóa đơn điện tử EasyInvoice

Liên hệ để được tư vấn về phần mềm hóa đơn điện tử

Zalo tư vấn mua hàng: https://zalo.me/softdreams

Website: https://easyinvoice.vn/

Email: info@softdreams.vn

Facebook: https://www.facebook.com/easyinvoice.vn